Гель электрофорезі зарядталған бөлшектерді бөлу үшін оң және теріс зарядтарды пайдаланады. Бөлшектер оң зарядты, теріс зарядты немесе бейтарап болуы мүмкін. Зарядталған бөлшектер қарама-қарсы зарядтарға тартылады: Оң зарядталған бөлшектер теріс зарядтарға, ал теріс зарядталған бөлшектер оң зарядтарға тартылады. Қарама-қарсы зарядтар тартылатындықтан, біз бөлшектерді электрофорез жүйесі арқылы ажырата аламыз. Электрофорез жүйесі өте күрделі болып көрінгенімен, ол өте қарапайым. Кейбір жүйелер сәл өзгеше болуы мүмкін; бірақ олардың барлығында осы екі негізгі компонент бар: қуат көзі және электрофорез камерасы. Біз электрофорездің қуат көзін де, электрофорез камерасын/бакты да ұсынамыз. Сіздің таңдауыңыз бойынша бізде электрофорездің әртүрлі үлгісі бар. Тік электрофорез де, көлденең электрофорез де ұсынылған, әртүрлі гель өлшемдері тәжірибе талабы ретінде жасалуы мүмкін.